予防接種は感染症の予防のため、というのは誰もが知っていること。
感染症はウィルスや細菌などの病原体が体内に入りひきおこすもの。ワクチンはあらかじめ力を弱めた病原菌を接種して抗体をつくり、感染を防ぐ、又は感染しても軽症で済ませることが出来る。
というのが常識です。
でもこれは病原菌説というひとつの仮説に基づく考えであり、病原環境説という別の見方も存在します。
それはどんな説かというと・・・
以下（http://blog.goo.ne.jp/akyoon/e/8acdaa146cc1bb39b38fb6277c67c108）より引用します。
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簡単に言うと、常在菌でさえも突然病原菌となる。これは多種あるそうだ。ジフテリア菌について言えば、普段は常在菌として生息している。が、その菌にはウイルスが（菌に寄生するウイルス）が、指示を出すのだ。
「毒素を作れ」と
それが菌のDNA操作となるのだろうが、そこで普段は無毒性のジフテリア菌が有害毒素を産出するようになる。その毒素が人体細胞を破壊してしまう。それが発症となるという。
じゃあ、なぜなの～～？
と疑問が出るだろう。それを医学は分かっていない。生物学でもハッキリとしてはいないらしいが、ひとつ言えることは「環境が変わる時」にそれが起こるというのだ。
さて、「環境」って？
もちろん、人体内の環境である。
そこで思い出して欲しい。あの悪名高い（一部のひとにだが）パスツールが菌こそ病源であると言っていたのに、臨終の際に「環境が全てである」と。
そう、その環境である。
血液の汚濁、それが細胞の汚濁となり、そのときにスイッチが入るのだ。そのスイッチを入れているのが、ジフテリア菌の類にみられる菌に寄生しているウイルスだった。
細菌は実行部隊とすれば、ウイルスは司令官みたいな役割をしているのだ。細菌、ウイルスがどうして活躍するのか？
これを単純に考えたのがパスツール以来の病源微生物説なのだ。これをパスツール自身が最後に回心したのに。今までずっとそれが医学の土台になってきたのだ。
ところが生物学でみると、その微生物が病原体となるときには、条件があるということが分かった。それが「環境」なのだ。
環境＝血液の清濁＝細胞の毒素の保有量
この条件が整ったときに、微生物は人体の恒常機能、浄化装置と協力体制に入る。そこで、発熱と細胞破壊（毒素の多い細胞）で排泄物によって、人体は清浄化されるのである。
つまり、細菌もウイルスも常にどこにでもいるし、どこからでもやってこられる。しかし、普通は発症しない。たとえ、体内にウイルスや細菌が侵入してもだ。
いくら大流行している感染症でも平気でいる人も多数いる。
なにが違うのか？それが体内「環境」なのである。
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病原菌説では、病原菌は外からやってくる敵であり、それをやっつけるためにワクチン⇒抗体という仕組みをつくりました、ところが上記の病原環境説に基づくとものすごく的外れのことをしていることになります。
そもそも細菌は通常体内に存在しても無害であり、体内の環境が悪化したき＝細胞に毒素が蓄積されたときにそれを浄化・排出するために初めて菌自身が毒素を出すということ。感染症の多くは、感染してても発病しない人が多数いて、そのうちの一部の人が発症し「病気」になりますが、その現象とも符合します。
とすれば感染症の予防はまず体内に毒素をためないこと、食事であれなんであれ体のバランスを崩さず健康でいることが第一であることになります。それで初めて本来の免疫機能も活性化し、いざ発症したときにもそれを乗り越える力がつくのだと思います。
一方で予防接種のやっていることはなにかというと、免疫機能の網を潜り抜けてワクチンに含まれる不純物と一緒に細菌を体内に送り込むこと。細菌自体は常在菌としてのこるとして、不純物は体内に蓄積されます。体内環境の変化＝悪化の原因をつくっているのと同じです。
医学の世界では、パスツールが唱えた病原菌説があたかも科学的事実かのように定説化されていますが、生物学の世界では病原環境説を支持する研究者も多く、病原菌説もまた仮説のひとつにすぎません。
医学の常識も、視野を広げて見つめなおす必要がありそうです。